모두의 기억에서 잊혀진 섬, 스타폴 제도.
소닉, 에이미, 테일즈는 카오스 에메랄드의 반응을 쫓아
이 스타폴 제도로 향한다.

섬의 상공에 다다랐을 때 갑자기
토네이도 호에 이상이 발생!
하늘에 벌어진 시공의 틈으로 빨려 들어간
소닉은 일행과 떨어지고 만다.

정신이 들자 소닉은 신비로운
공간에 내던져져 있었다.
본 적 있는 듯한 풍경이지만,
어딘가 위화감이 드는 디지털 세계...
그곳은 '전뇌공간'이었다.
'전뇌공간'에서 어떻게든 탈출한
소닉은 스타폴 제도의 섬,
고대인의 수수께끼로 가득한 유적과 꺼림칙한
적들이 배회하는 '크로노스섬'에서 눈을 뜬다.

어디선가 들려오는 알 수 없는 목소리에 이끌려 소닉은
뿔뿔이 흩어진 동료들을 찾기 위해서 달리기 시작한다.
이 섬에는 무엇이 잠들어 있을까?
소닉의 앞을 막는 수수께끼의 소녀 세이지의 목적은?